水泥行业超低排放改造的主要污染防治原则如下：
1、采用先进技术。超低排放改造需要采用多种先进治理技术和设备。企业需要更新和改进水泥生产工艺，完善和引进先进的污染治理技术和设备，如粉尘治理、脱硝、限制氮氧化物排放的SCR技术和脱硫技术等，使污染物排放得到有效的控制和防治。
2、加强监督管理。为确保超低排放改造的效果，需要加强监督管理，强化企业环保监管、信用评价和公开排污信息等，建立健全监督服务机制，搭建超低排放一体化平台，对排放情况进行不间断和实时监控，发现问题及时处理。
3.实施差异化管理。超低排放改造市场竞争最为集中、技术难度高的领域，水泥企业应根据自身条件及污染排放特点，实施差异化管理，采取差异化技术路线、行业分类管理等措施。
4.加强企业自主创新。在超低排放改造过程中，企业需要加强管理创新，通过优化生产工艺，加强管理等方面，实现减少污染物排放，并在关注环保的同时，企业需要开发节能技术、更新工艺装备，推广没有环境污染的新型活性剂等，也透过开发创新科技产品，产生巨大的经济价值。
综上所述，水泥行业超低排放改造需要落实全方位的污染防治措施，需要优化治理模式、加强监管和管理、促进企业自主创新等措施的积极推进，实现环保和经济效益的双赢。
九九云环境的超低排放一体化系统解决方案,可将所有有组织、无组织排放监测和治理设施均实现联网，并将监测数据集中采集对接至超低排放一体化平台实现数据信息的查看、分析、存储，不仅方便企业环境管控，降低企业排放污染，更能帮助企业实现生产工艺全流程、全过程管理，满足超低排放要求。